Οι σπουδές στα Μεταπτυχιακά Προγράμματα του Πανεπιστημίου πραγματοποιούνται με την καταβολή διδάκτρων. Tο συνολικό κόστος φοίτησης στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Ειδίκευσης (Μ.Sc.) Πλήρους Φοίτησης ανέρχεται, για την Κατεύθυνση Οικονομικής Θεωρίας στο ποσό των 4.000 Ευρώ, ενώ για την Κατεύθυνση Εφαρμοσμένα Οικονομικά και Χρηματοοικονομική Ανάλυση στο ποσό των 6.500 Ευρώ.

Τα δίδακτρα καταβάλλονται σε 3 ισόποσες δόσεις. Ποσό ίσο με το μισό της πρώτης δόσης καταβάλλεται για την κατοχύρωση της προσφερόμενης θέσης και το υπόλοιπο μισό κατά την εγγραφή στο Πρόγραμμα στην αρχή τού πρώτου εξαμήνου.

Οι υπόλοιπες δόσεις καταβάλλονται στην αρχή των υπόλοιπων δύο ακαδημαϊκών εξαμήνων. Τα δίδακτρα μπορεί να μεταβάλλονται μετά από απόφαση της Γενικής Συνέλευσης του Τμήματος Οικονομικής Επιστήμης στα πλαίσια των σχετικών αποφάσεων της Συγκλήτου Ειδικής Σύνθεσης του Ο.Π.Α.